Jednak jeśli kontrolowany nie zgadza się z ustaleniami stanu faktycznego dokonanego przez organ kontrolujący lub uważa, że protokół nie został sporządzony w sposób obiektywny, może, na podstawie art. 74 ust. 2 ustawy o transporcie drogowym, odmówić podpisania protokołu. W takim przypadku fakt odmowy złożenia przez niego podpisu powinien zostać odnotowany w protokole wraz ze wskazaniem jej przyczyny.